Американский актёр, режиссёр и продюсер.
Родился в городе Кристофер, штат Иллинойс, США. Фамилия ему досталась от отца-хорвата. В юности занимался музыкой.
Дебют Джона Малковича на профессиональной сцене состоялся в 1978 году в Goodman Theatre. Труппа Steppenwolf Theatre Company, в составе которой был Джон, играла пьесу Сэма Шепарда «Проклятье голодающего класса».
В течение семи лет Малкович работал в самых разных местах и при этом
продолжал играть в театре — принял участие более чем в 50 постановках. В
1984 году он выступил на Бродвее в спектакле "Смерть коммивояжера".
Одной из его лучших ролей в кино стал виконт де Вальмон в экранизации классического романа «Опасные связи» (1988). Вскоре актёра пригласил Бернардо Бертолуччи на главную роль в своём фильме «Под покровом небес» (1990), затем он сыграл изобретательного убийцу в боевике Вольфганга Петерсена "На линии огня".
В 1999 году он исполнил роль самого себя в нашумевшем фэнтези «Быть Джоном Малковичем». В 2008 г. снялся у братьев Коуэнов в комедии «После прчтения сжечь». Несмотря на головокружительную карьеру в кинематографе, Джон Малкович продолжает выступать как театральный актёр.
Актер исполнил роль Марвина Боггса в фильме «РЭД», а также в его продолжении. В 2016 году Джона можно было увидеть в фильме-катастрофе «Глубоководный гаризонт», основанном на реальных событиях.
В 2017 году Малкович был задействован в российском комедийном фильме «Про любовь. Только для взрослых».
В 2018 году в прокат вышел боевик «22 милли», снятый при участии Малковича, а также постапалекстический хорро «Птичий короб».
Так-же можно отметить второстепенную роль в фильме "Трансформеры. Темная сторона луны".
Семейное положение: Джон Малкович был женат на актрисе Глен Хидли, с 1982 по 1988 годы, после чего они развелись из-за романа актёра c Мишель Пфайфер. Потом он встретил Николетту Пейран. У них есть двое детей — дочь Амандайн (род. 1990) и сын Лоуи (род. 1992).