Учился в Каунасской средней школе №52 (ныне Каунасская Миликонийская профессиональная гимназия).
В 1997—2003 годах учился в Литовской академии музыки и театра на театрально-кинематографическом факультете, руководителем курса был Владас Багдонас.
Есть сын Довидас от первого брака. В августе 2013 года Марюс женился во второй раз на Ренате Узялкайте. В 2015 году у пары родилась дочь Вильте.
Снимается также в кино и на телевидении. Известен, в частности, главной ролью в российском фильме «Хоттабыч» (2006). Поскольку Ямпольскис говорил по-русски с сильным литовским акцентом, его персонаж был переозвучен российским актёром Антоном Эльдаровым.
Дважды лауреат премии «Серебряный журавль» в 2008 и 2013 годах в номинации «Лучший актёр года».
В 2003 году выступал в Вильнюсском театре кукол «Леле».
С 2005 года играет в Литовском национальном театре драмы. Сотрудничает, в частности, с режиссёром Витаутасом Ландсбергисом. В 2006 году исполнил главную роль в спектакле Саулюса Миколайтиса «Антуана» по одноимённой сказке Антуана де Сент-Экзюпери