Верховная ведьма вынашивает зловещий план погубить всех детей с помощью колдовского зелья. Бедный Люк уже стал её жертвой и превратился в мышонка. Однако он не собирается сдаваться, и у него есть шанс спасти себя и остальных детей.
Семья Маршалла Теллера переезжает в небольшой провинциальный городок Эйри, штат Индиана, который оказывается центром странностей вселенной. Там Маршал знакомится с Саймоном Холмсом, одним из немногих нормальных людей в Эйри. Вместе они сталкиваются с загадочными происшествиями и встречают таинственных жителей города.
Школьник Митч Тэйлор, увлеченный поиском паранормальных явлений, не очень любит точные науки, а на уроках математики и вовсе чувствует себя неуютно. Однажды учительница задала Митчу довольно сложную задачу, и помощь пришла буквально из воздуха. Невидимая рука написала в тетради Митча нужную формулу, алгоритм решения и ответ. Это привидение помогло ему избежать плохой оценки! Мальчик пытается войти в контакт с умным призраком.
На этот раз Скуби-Ду и его приятелям предстоит сразиться с замаскированным злодеем, который замышляет захватить город Кулсвиль, наводнив его привидениями. Эти существа, появляющиеся на свет благодаря специальной машине по генерированию монстров, должны устроить в городке настоящий переполох. Но благодаря усилиям «Тайной корпорации» Кулсвиль будет непременно спасен!