Действие сериала начнётся с событий на одной из Внешних колоний человечества, Седре. Отряд Службы военной разведки под командованием капитан-лейтенанта Джеймсона Локка высажен на планету с целью расследовать предполагаемую террористическую деятельность. Отряд подвергается атаке радикалов, и становится известно, что те пытаются использовать некое биологическое оружие, способное влиять только на людей. Ради своего выживания оперативники отряда вынуждены работать вместе с одним из местных командиров Рэндаллом Аикеном. Оставаясь на Седре, отряд обнаруживает инопланетный артефакт. Тем временем на орбиту колонии прибывает частично функциональная секция уничтоженной Установки 04.
Группа океанографов на подлодке «Орфей» ищет редкие микроорганизмы в Северном Ледовитом океане, возле хребта Ломоносова. Предположительно, микроорганизмы могут стать новым источником биологического топлива. Но подлодка внезапно терпит крушение и ученые оказываются взаперти под толщей воды, на глубине в тысячи метров.
Недалекое будущее. Земля захвачена инопланетными монстрами, и жить на ней стало невозможно. Монстры не только превратили Землю в подобие свалки, но еще и продолжают уничтожать оставшееся немногочисленное население, состоящее в основном из осиротевших в результате продолжительной войны детей. Единственная возможность спастись, это попасть на огромный космический корабль «СкайАрк», являющийся последним выбором для продолжения жизни людей. Отважный сын погибшего командира берет на себя роль спасителя. Он вместе со своими друзьями борется с монстрами, пробиваясь к морю, где СкайАрк должен их всех забрать с погибшей планеты…