Главный герой фильма «Хакеры» Дэйд Мерфи (Джонни Ли Миллер) ещё в 11 лет был осужден на 7 лет условно за компьютерные махинации. Ему удалось написать компьютерный вирус, который заразил более полутора тысяч компьютерных систем и вызвал панику на Нью-Йоркской фондовой бирже. Родителям Дэйда пришлось заплатить 45 тысяч долларов штрафа за ущерб, принесенный их сыном. Во время условного заключения Дэйду запрещается пользоваться компьютером и телефоном. Проходит 7 лет, срок условного заключения заканчивается. В школе Дэвид знакомится с группой таких же хакеров, как и он, в которой особенно выделяется Кейт Либби (Анжелина Джоли), одаренная, но своенравная девушка по прозвищу Кислота (Acid Burn). Одному из членов хакерской группы удается случайно взломать секретный компьютер «Гибсон», принадлежащий крупной корпорации Эллингсон и получить информацию, разоблачающую главу службы компьютерной безопасности (Фишер Стивенс / Fisher Stevens). Выясняется, что мошенник Юджин Белфорд по прозвищу Чума (The Plague), высокопрофессиональный компьютерный взломщик, написал программу, которая дала ему возможность воровать миллионы долларов и при этом была замаскирована под компьютерный вирус. Узнав о собственном разоблачении, мошенник решает написать вирус, способный вызвать серьезную экологическую катастрофу, и обвинить в этом молодых хакеров, которые моментально превращаются в преступников. За ними ведет охоту ФБР, а также сам Белфорд. Для того, чтобы доказать свою невиновность, хакеры должны объединиться и предотвратить катастрофу, запустив обширную компьютерную атаку.