Посреди ночи в дом к Шэгги Роджерсу вламывается Скуби-Ду, и парень с псом быстро дружатся. Утром Шегги знакомит команду своих друзей со Скуби и так образуется Корпорация «Тайна». Все проявляют интерес к призракам и решают заняться расследованием событий, происходящих в колледже. Там уже давно ползают призраки и теперь, будучи исключенными из колледжа, команда принимается за расследование.
Верховная ведьма вынашивает зловещий план погубить всех детей с помощью колдовского зелья. Бедный Люк уже стал её жертвой и превратился в мышонка. Однако он не собирается сдаваться, и у него есть шанс спасти себя и остальных детей.
Семья Маршалла Теллера переезжает в небольшой провинциальный городок Эйри, штат Индиана, который оказывается центром странностей вселенной. Там Маршал знакомится с Саймоном Холмсом, одним из немногих нормальных людей в Эйри. Вместе они сталкиваются с загадочными происшествиями и встречают таинственных жителей города.
Школьник Митч Тэйлор, увлеченный поиском паранормальных явлений, не очень любит точные науки, а на уроках математики и вовсе чувствует себя неуютно. Однажды учительница задала Митчу довольно сложную задачу, и помощь пришла буквально из воздуха. Невидимая рука написала в тетради Митча нужную формулу, алгоритм решения и ответ. Это привидение помогло ему избежать плохой оценки! Мальчик пытается войти в контакт с умным призраком.
Микки Мэтсон, после похорон своего деда, узнает, что является единственным его наследником. Но в наследство он получает странный предмет - обычный камень. Все попытки разобраться в сущности этого наследства, приводят главного героя и его знакомых к серии удивительных приключений, которые, так или иначе, связанны с историей страны.
Два года спустя после того, как Тайная корпорация распалась из-за возникших противоречий Скуби-Ду и его сообразительных приятелей, раскрывших не одно преступление, Фреда, Дафну, Шэгги и Велму, поодиночке вызывают на Зловещий остров, чтобы они начали расследование серии паранормальных явлений, происходящих в Спринг-Брейк.
На этот раз Скуби-Ду и его приятелям предстоит сразиться с замаскированным злодеем, который замышляет захватить город Кулсвиль, наводнив его привидениями. Эти существа, появляющиеся на свет благодаря специальной машине по генерированию монстров, должны устроить в городке настоящий переполох. Но благодаря усилиям «Тайной корпорации» Кулсвиль будет непременно спасен!
11-летний мальчик, убежденный, что он лучший детектив в городе, управляет своим агентством и распутывает различные дела вместе с приятелем — гигантским полярным медведем.