Агента ФБР Дану Скалли переводят в непрестижный отдел «Секретные материалы» – своеобразное кладбище нераскрытых дел, якобы связанных с вмешательством внеземных сил. Рациональная и даже скептичная Дана становится напарницей увлеченного спецагента Фокса Малдера, известного своей тягой к сверхъестественному. Призванная разоблачить несостоятельность его проектов, Дана с каждым новым делом-головоломкой только заражается настроениями Фокса. Помимо расследования необъяснимых смертей и похищений агенты берутся за разоблачение заговора в кругу высокопоставленных лиц, которые куда лучше осведомлены о паранормальных явлениях, чем простые граждане.